Genetska istraživanja velikog broja različitih vrsta krompira su pokazala da krompir vodi poreklo iz južnog Perua. Poreklo belog krompira kakav danas jedemo je na andskim visoravnima na visinama od 4.000 do 6.000 metara. Krompir je uzgajan pored jezera Titikaka na Bolivijsko-Peruanskoj granici pre nekih 6.000 godina, tamo se i danas mogu naći mnoge divlje vrste krompira. Ajmara indijanci su razvili više od dvesta vrsta krompira na platou jezera Titikaka na više od 10.000 metara. Inke su računale vreme pomoću krompira stavljajući u korelaciju vreme poptrebno za rast krompira i određene jedinice vremena. Takođe su ga koristile i za predviđanje vremena. Kako Španska Kraljevska Akademija kaže, engleska reč potato potiče iz Taino reči „batata“ (slatki krompir) i Kečua (Quechua) reči „papa“. Reč papa se duž Latinske Amerike i dalje koristi kao reč za krompir. Čarls Darvin je tokom naučne ekspedicije po Patagoniji u njegov dnevnik zapisao: „Neverovatno je da ista biljka uspeva u sterilnim obroncima planina centralnog Čilea gde ne padne ni kap kiše više od 6 meseci, a može se naći i u kišnim džunglama“ -pričao je o krompiru. Krompir je počeo da se uzgaja u Južnoj Americi između 3.000 i 7.000 godina iako naučnici veruju da su divlje vrste rasle u regionu pre više od 13.000 godina. Postoji puno dokaza da su pre-inkačke kulture upotrebljvale krompir,postoje slike krompira koje se mogu videti na glinenim predmetima Nazca i Chimu kultura. Rani Španski hroničari zabeležili su da su Inke našle način da čuvaju krompir i po više od 5 godina. Način spremanja se zvao čunjo (chuno). Takav način spremanja krompira datira još iz vremena pre Inka. Krompir bi prvo ostavili nekoliko noći napolju na mrazu, zatim bi ga oljuštili, oprali i ostavili da se suši, takav krompir su mogli da koriste godinama. Španski osvajači su prvi put videli krompir kada su stigli u Peru 1532 godine tražeći zlato, videli su da Inka rudari jedu čunju. Tada Španci nisu shvatili da je upravo krompir predstavljao mnogo veće blago nego svo zlato i srebro. Vremenom su počeli da nose krompir sa sobom kao hranu na dugim prekookeanskim putovanjima. Danas Peru i Čile vode rat u koji su uvukli i Boliviju, oko toga sa čije teritorije zaista potiče krompir. Rasprava je počela kada je Čileanski ministar poljoprivrede izjavio da 99% svetskog krompira vodi poreklo iz Čilea, a Peru, gde je krompir izvor nacionalnog ponosa tvrdi da krompir potiče sa platoa pored jezera Titikaka sa Peruanske strane i da oni poseduju više od 3.000 vrsta različitog krompira. Čileanski naučnici tvrde da su arheološka istraživanja pokazala dokaze da je čovek konzumirao krompir u južnom Čileu pre 14.000 godina, mnogo pre nego što se krompir pojavio u Peruu. Peruanske kolege odgovaraju da su to potomci krompira koji se sa jezera Titikaka spustio do Čilea. U raspravu se uključila i Bolivija koja tvrdi da je krompir njen ponos i da potiče sa njene strane jezera. Kome god pripadao, krompir danas hrani celo čovečanstvo i čini veliki deo ishrane mnogih naroda.